환경 미생물 분석 파트너
연구자를 위한 과학자의 시퀀싱 솔루션
제공하는 서비스
미생물 시퀀싱
저희의 기술과 전문 지식을 통해 고객의 미생물 연구 요구에 대한 DNA 추출 및 다양한 서열 분석 실험을 수행할 수 있습니다.
설명
저희의 전문 기술 직원이 샘플에서 Illumina 또는 나노기공 시퀀싱 라이브러리를 준비하고 시퀀싱합니다. 저희의 앰플리콘 시퀀싱 서비스에는 표준 분류학적 마커 유전자(16S rRNA, 18S rRNA 및 ITS)가 포함되어 어떤 미생물이 어떤 비율로 존재하는지 식별합니다. 저희는 또한 다른 일반적인 마커(세균 ITS, 미토콘드리아 12S, rbcL 및 시토크롬 산화효소)의 시퀀싱을 제공하고 관심 유전자의 맞춤형 PCR 앰플리콘의 시퀀싱을 수행할 수 있습니다. ONT Nanopore 및 Illumina 플랫폼은 샷건 및 장기 판독 앰플리콘 시퀀싱 데이터를 생성하는 데에도 사용됩니다. 저희는 일반적으로 여전히 MiSeq를 사용하지만 현재는 또 다른 Illumina 플랫폼인 NextSeq도 사용합니다.
옵션
앰플리콘 시퀀싱은 30,000개의 페어드 리드/샘플 Illumina (2×250 사이클 표준)에서 수행됩니다.
- 세균/고세균: 16S V4 또는 V4-V5
- 박테리아: ITS
- 곰팡이: ITS1
- 진핵생물: 18S V4-V5, rbcL, 미토콘드리아 12S/16S 및 COI
- 광합성생물 (예: 조류): V8-V9
- 맞춤형 및 롱 리드 앰플리콘도 이용 가능합니다.
메타바코딩 서비스
저희의 기술과 전문지식을 통해 귀사의 미생물 연구 요구에 대한 DNA 추출 및 다양한 시퀀싱 실험을 수행할 수 있습니다.
설명
환경 DNA (eDNA) 및 메타바코드 시퀀싱은 효율적인 DNA 추출, 유전자 영역 선택 및 분류 작업을 포함한 독특한 과제를 제기합니다. 저희의 전문 기술진은 다양한 자료에서 고품질의 DNA를 추출하고 프로젝트에 필요한 표준 또는 맞춤형 프라이머 세트를 사용하여 시퀀싱 라이브러리를 준비할 수 있습니다.
또한 시퀀싱 결과의 분석 서비스를 제공하며, 이에는 분류 작업 및 생태계 구성에 대한 통계 분석도 포함됩니다.
옵션
Illumina를 통한 30,000 페어드 리드/샘플의 앰플리콘 시퀀싱 (표준 2×250 사이클)
- 마이크로바이옴 시퀀싱 아래 모든 마커 사용 가
- 일반적인 환경 DNA 및 메타바코딩 마커, 예를 들어 COI, rpoB 및 미토콘드리아 rRNA (12S rRNA, 16S rRNA)
- 고객이 제공하거나 Metagenom Bio에서 디자인한 사용자 정의 마커
- 기타 시퀀싱 플랫폼도 이용 가능합니다.
하이브리드 시퀀싱
하이브리드 방법을 활용한 저희의 유전체 시퀀싱은 쇼트 리드와 롱 리드 시퀀싱 기술을 통합하여 고객에게 그들의 유기체의 유전체에 대한 포괄적이고 정교한 시각을 제공합니다.
설명
롱 리드 방법과 마찬가지로, 저희 하이브리드 시퀀싱 접근법은 더 완전한 유전체를 생성하여 유전 군집이나 공동 전사 영역을 포착할 가능성을 높이며, 특정 생화학적 경로에 관여한 유전자에 대한 고객의 이해를 강화합니다.
롱 리드 시퀀싱과 마찬가지로, 하이브리드 시퀀싱은 완전한 원형화된 유전체를 생성할 가능성이 높아져 유전체 재배열 및 수평적 유전자 이동을 추적하는 데 도움이 되어 조직 진화 연구에 중요합니다.
뿐만 아니라, 저희의 기술은 염색체를 플라스미드로부터 분리하는 것을 허용하여 항생물질 내성 및 병원성 유전자를 식별하고 추적하는 데 필수적인 단계를 제공합니다. 이는 다양한 경제 분야에서 질병을 전파하는 데 기여하는 중요한 역할을 합니다.
저희의 하이브리드 시퀀싱 접근법은 또한 고정밀의 유전자 서열 식별을 제공하여 유전자 기능과 진화를 보다 정밀하게 결정합니다.
여러 시퀀싱 플랫폼의 장점을 유지하면서, 저희의 하이브리드 접근법은 가설 생성 및 분석 속도를 높이는 다음 수준의 유전체 통찰력을 사용자에게 제공합니다.
생물정보학
저희의 생물정보학 및 소프트웨어 엔지니어링 전문 지식을 통해 고객의 유전체 데이터를 신속하고 철저하게 분석하며, 통찰력 있는 미생물 균집 보고서를 작성할 수 있습니다.
설명
고객께서 저희와 시퀀싱을 수행했는지에 관계없이 저희의 생물정보학 팀은 최적화된 마커 유전자 및 메타게놈 파이프라인을 사용하여 데이터를 분석할 수 있습니다. 우리는 귀하의 필요와 질문에 기초하여 심층적이거나 기본적인 분석과 보고서를 제공할 수 있습니다. 저희의 생물 정보학자는 메타전사체 데이터 분석을 포함한 고객의 맞춤형 분석도 지원할 수 있습니다.
옵션
- 레벨 1: 알파 다양성 (종 다양성 및 다양성), 분류학
- 레벨 2: 베타 다양성 (샘플 간의 분류 구성 및 샘플 메타데이터 기반 비교)
- 레벨 3: 추가적인 샘플 특성화 (계통/분류학적 독특성, 지표 종, 특정 분류 데이터를 찾는 작업)
- 메타젠오믹스: 조립된 유전체, 유전자 주석, 기능 풍부화, 바이오프로스팅 (분석 설계는 분석 팀과 상의하십시오)
